Zahraniční obchod prošel v průběhu 90. let dramatickými změnami. Došlo k velkému nárůstu objemu zahraničního obchodu a ke změně orientace z východních na západní trhy. Problémem byly velké deficity běžného účtu platební bilance, které vyústily v měnovou krizi v roce 1997. Současně došlo k přechodu z produkce primární a méně náročné na technologické zpracování na produkci sofistikovanou. Tento trend je znakem vyspělé tržní ekonomiky a napomáhá uplatnění českého zboží ve vyspělých ekonomikách.
V teritoriální struktuře zahraničního obchodu Československa došlo k značným změnám. V českém vývozu došlo k výraznému posílení místa zemí s vyspělou ekonomikou, zejména zemí EU. Všechny ostatní hlavní skupiny zemí naopak svoje postavení v českém vývozu, až na výjimky, oslabovaly. Významně klesl především podíl evropských zemí s přechodovou ekonomikou. V českém dovozu rovněž došlo k posílení pozic zemí s vyspělou ekonomikou. Jejich podíl se zvyšoval až do roku 1999, kdy dosáhl 73,8% a od roku 2000 se naproti tomu snižoval. Hlubší pokles podílu zemí s vyspělou ekonomikou na českém dovozu než na českém vývozu v roce 2002 tak ještě více zdůraznil trend nastoupený v roce 1999, kdy jejich podíl ve vývozu ČR poprvé převýšil jejich podíl v dovozu ČR. Svůj podíl naopak na českém dovozu snižovala skupina evropských zemí s přechodovou ekonomikou.
Komoditní struktura zahraničního obchodu České republiky prošla od roku 1989 významnou proměnou. Od roku 1989 zaznamenala největší změny u dovozů skupina nerostných paliv, u které došlo k poklesu, dále potom skupina meziproduktů, a skupina strojů a dopravních prostředků, které naopak zvýšily svůj podíl na celkových dovozech. Ve vývozech došlo k největšímu nárůstu ve skupině strojů a dopravních prostředků, pokles byl naopak zaznamenán u skupin potravin a zvířat a nerostných paliv. Zbožová struktura dovozu se přiblížila zbožové struktuře dovozu srovnatelných vyspělých zemí.